Buat teman2 yang punya permasalahan dalam menjalankan PCR, atau akan mengerjakan PCR dan pengen tahu lebih banyak tentang PCR bisa di share disini dan akan kita diskusikan bersama2

haha.... emotnya lucu 
Thanks ya om langsung disikapi nih permintaan di sebelah 
Dulu sempet ada member, usernamenya medaka-kun, sepertinya dia juga lagi ngerjain PCR. Sayang udah ga nongol lagi 
Sempet juga ada topik tentang telomere, nah di situ ada pertanyaan yang belum terjawab. Boleh nanya di sini kan ya?
Kalo boleh, bisa tolong dijelasin tentang ini ga :

KutipTelomere adalah suatu sequence DNA yang berada di kedua ujung kromosom. Setiap kali kromosom bereplikasi sebagian kecil kedua ujung kromosom ini hilang, mekanismenya seperti apa belum dapat diketahui secara pasti (atau udah yahh?). Hipotesis yang diajukan adalah memendeknya telomere menstimulasi sinyal yang menyebabkan sel berhenti membelah. Hal inilah yang diduga kuat penyebab mortalitas atau kematian.

Terus juga yang ini :

KutipJika pencegahan proses pemendekan telomere dengan telomerase ini dapat membuat sel kanker menjadi immortal, barangkali kita pada akhirnya dapat memanfaatkan ini untuk, paling tidak, memperlambat proses penuaan dan membantu proses regenerasi jaringan.

Beberapa perusahaan spt Geron Corp. (yg pegang patent-nya plus patent bbrp embryonic stem cell  Marah ) sudah mulai mengembangkan terapi/obat utk mengontrol aktifitas telomerase untuk pengobatan penyakit2 degeneratif kronis spt. macular degeneration (apa ya terjemahannya?), atherosclerosis, AIDS, dsb.

Nah prestasinya sekarang apa ya? Apa udah bisa untuk memperlambat penuaan dan pengobatan penyakit degeneratif?

Makasiiiihhhh

Ah

Untuk kutipan pertama, ada dua poin.

• Mekanisme pemendekan. Udah diketahui, setahu saya. (agak technical sih, buat yang belum familiar sama replikasi DNA, tanya aja ya kalau ada yang ngga jelas ). Ini berkaitan dengan arah replikasi DNA yang cuma bisa 5'-3'. Dalam replikasi normal, kan ada utas yang disintesis terus menerus (continuous) dan putus2 (okazaki fragment). Nah, bagian yang putus2 di ujung telomer ini tiap mitosis akan memendek karena ngga ada sekuen DNA yang bisa jadi primer buat DNA polimerasenya. Tanpa primer ini, DNA polimerase ga bisa 'nambal' bagian yang kosong antar fragmen okazaki sehingga bagian ini hanya ada DNA utas tunggal (hasil replikasi continuous). DNA utas tunggal ini lebih rapuh dan rentan terhadap nuklease sel sehingga akan besar kemungkinan hilang dan DNA secara keseluruhan makin pendek. Gambarnya ada [pranala luar disembunyikan, sila masuk atau daftar.].
• Soal stimulasi sinyal. Setahu saya, sel mati kalau telomere habis, karena bagian fragmen yang hilang / memendek itu udah masuk di bagian protein fungsional sel. Karena ada bagian yang hilang, fungsi sel ga bisa normal, dan dia bisa aja mati. Telomere kan kaya tameng yang terus menipis.

Untuk kutipan kedua, saya hanya tahu sekilas soal telomere dan aging. Memang, saya juga pernah mendengar kalau telomerase itu mungkin kunci menghambat penuaan. Tapi, ternyata udah ditemukan juga kalau penghambatan dengan mengutak - atik telomerase bisa berakibat peningkatan risiko kanker. Papernya bisa dibaca [pranala luar disembunyikan, sila masuk atau daftar.]. Tapi, saya yakin ada sisi lain dari penjelasan telomer dan penuaan ini sih.

Mungkin yang lain punya info lebih detil ?

mungkin info tambahan ini sedikit dapat membantu,

Struktur telomer

Telomer tersusun dari urutan basa-basa nukleotida tertentu yang berulang-ulang ratusan hingga ribuan kali dan berada pada bagian akhir daripada kromosom, yang melindungi bagian akhir kromosom dari kerusakan. Pada manusia, urutan basa nukleotida telomer adalah TTAGGG. Selain nukleotida yang menyusun untai DNA telomer, terdapat pula berbagai protein yang bersama-sama menjalankan fungsi telomer. Untuk memelihara telomer, diperlukan enzim khusus yang disebut telomerase.

Fungsi telomer

Sebelum sel membelah diri, sel akan menjalani beberapa fase. Salah satunya adalah fase S (sintesis) di mana seluruh untai DNA yang menyusun genom digandakan. Penggandaan DNA pada umumnya dilakukan oleh enzim DNA polimerase. Tetapi sistem sintesis DNA yang dianut oleh DNA polimerase tidak memungkinkan penggandaan pada bagian ujung DNA linear. Dengan adanya struktur telomer yang khas dan enzim telomerase penggandaan untai DNA dapat dilakukan secara menyeluruh.

Bila suatu sel tidak memiliki enzim telomerase, sel tersebut tidak mampu menggandakan bagian paling akhir dari untai DNA-nya, walaupun tetap dapat membelah diri. Hal tersebut menyebabkan untai DNA pada sel anakan menjadi lebih pendek dari sel awal. Bila keadaan ini berlanjut terus-menerus seiring dengan pembelahan sel, untai DNA menjadi terlalu pendek dan kestabilan genom terganggu. Keadaan ini mengancam kelanjutan hidup sel, dan dapat mengaktifkan program bunuh diri sel (apoptosis), atau sel berhenti membelah dan memasuki tahap senescent.

Pemendekan telomer seiring dengan pembelahan sel telah berhasil dihubungkan secara ilmiah dengan penuaan.

Telomer dan penuaan

Sel-sel dewasa pada manusia tidak memiliki aktivitas telomerase. Telomerase hanya ditemukan pada sel induk, yang menyebabkan sel induk dapat membelah diri berkali-kali tanpa mengalami pemendekan telomer (atau mengalami pemenendekan telomer tetapi jauh lebih lambat daripada pemendekan telomer pada sel biasa). Tanpa adanya aktivitas telomer, sel akan mengalami pemendekan setiap membelah diri, sehingga organ dan jaringan yang sering membelah (misalnya kulit, jaringan pencernaan) akan mengalami pemendekan telomer yang jauh lebih cepat daripada sel-sel yang jarang membelah diri (misalnya sel otak).

Berdasarkan penelitian laboratorium, sel dengan telomer yang terlalu pendek akan berhenti membelah diri, kemudian memasuki tahap "jompo" (senesce) atau mengalami apoptosis. Diperkirakan hal semacam ini juga terjadi pada tubuh manusia, di mana sel-sel yang sudah terlalu pendek telomernya berhenti memperbarui diri, sehingga manusia mengalami penuaan.

Telomer dan kanker

Tidak adanya aktivitas telomerase pada kebanyakan sel-sel manusia diperkirakan merupakan suatu mekanisme alami pertahanan terhadap ancaman tumor. Karena telomerase menjaga kelestarian telomer yang berhubungan dengan kemampuan membelah diri yang tak terbatas, kehadiran telomerase pada jenis sel dan saat yang tidak tepat justru dapat menimbukan tumor.

mengenai obat2an yang bisa mengontrol aktivitas telomerase aku belum ada infonya, ntar kalau ada tak post lagi 

Mungkin dari yang lain ada yg mau menambahkan? monggo......
( tidak menutup kemungkinan juga diskusi ini mengenai tahap2 PCR, dari Isolasi Smaple, PCR/RT-PCR, Purifikasi DNA, Gel Cut, Electrophoresis, dll silahkan2......!!!!) apapun makanannya diskusinya tetap yang terbaik di [pranala luar disembunyikan, sila masuk atau daftar.]

Saya masih kurang jelas nih, khususnya bagian ini :

Kutip dari: artow pada Juli 22, 2008, 08:27:23 PM
Ini berkaitan dengan arah replikasi DNA yang cuma bisa 5'-3'. Dalam replikasi normal, kan ada utas yang disintesis terus menerus (continuous) dan putus2 (okazaki fragment). Nah, bagian yang putus2 di ujung telomer ini tiap mitosis akan memendek karena ngga ada sekuen DNA yang bisa jadi primer buat DNA polimerasenya. Tanpa primer ini, DNA polimerase ga bisa 'nambal' bagian yang kosong antar fragmen okazaki sehingga bagian ini hanya ada DNA utas tunggal (hasil replikasi continuous).

Kutip dari: cheloniamydas pada Juli 23, 2008, 12:05:12 PM
Penggandaan DNA pada umumnya dilakukan oleh enzim DNA polimerase. Tetapi sistem sintesis DNA yang dianut oleh DNA polimerase tidak memungkinkan penggandaan pada bagian ujung DNA linear. Dengan adanya struktur telomer yang khas dan enzim telomerase penggandaan untai DNA dapat dilakukan secara menyeluruh.

Alasan tidak bisa penggandaan pada ujung-ujung DNA oleh DNA polimerase kenapa ya? Mungkin ada yang bersedia ngejelasin lagi, misalnya tentang okazaki fragment ini?

KutipSel-sel dewasa pada manusia tidak memiliki aktivitas telomerase. Telomerase hanya ditemukan pada sel induk, yang menyebabkan sel induk dapat membelah diri berkali-kali tanpa mengalami pemendekan telomer (atau mengalami pemenendekan telomer tetapi jauh lebih lambat daripada pemendekan telomer pada sel biasa).

Sel induk maksudnya stem cell ya?
Soal penuaan, tulisan di sini mengatakan Tetrahymena tidak mengalami proses penuaan, ada yang pernah denger?

Kutip( tidak menutup kemungkinan juga diskusi ini mengenai tahap2 PCR, dari Isolasi Smaple, PCR/RT-PCR, Purifikasi DNA, Gel Cut, Electrophoresis, dll silahkan2......!!!!)

Ampun om, pengen tau dasar-dasarnya dulu nih, masih ga ngerti  Kalo mau lanjut gpp sih, ntar ikutan nimbrung kalo dah rada ngerti 

Kutip dari: reborn pada Juli 23, 2008, 02:58:09 PM
Ampun om, pengen tau dasar-dasarnya dulu nih, masih ga ngerti  Kalo mau lanjut gpp sih, ntar ikutan nimbrung kalo dah rada ngerti 

Tenang aja bro, masih dilanjutkan kok , jangan sedih gitu , ahahaha

Nonton aja aah, secara yg buat thread lebih jago dari saya
@Reborn, susah om klo ngejelasin di sini. Soalnya istilah2x gel cut, elektrophoresis etc merupakan metode di lab genetika molekular yg hrs diparaktekkan, bukan hanya di pelajari. Saya aja belajar elektrophoresis dan PCR bertahun-tahun, br ngerti pas melakukan.

Kutip dari: milmi pada Juli 24, 2008, 01:30:27 PM
Nonton aja aah, secara yg buat thread lebih jago dari saya
@Reborn, susah om klo ngejelasin di sini. Soalnya istilah2x gel cut, elektrophoresis etc merupakan metode di lab genetika molekular yg hrs diparaktekkan, bukan hanya di pelajari. Saya aja belajar elektrophoresis dan PCR bertahun-tahun, br ngerti pas melakukan.

waduh, jadi nggak enak nih bro milmi, aku cuman pengen bagi pengetahuan aja, klo boleh, apa yang aku tahu aku pingin share, yg aku nggak tahu kita diskusiin bareng2, kebetulan saat ini aku emang kerjanya di bidang ini, tq sebelumnya.

Kutip dari: cheloniamydas pada Juli 24, 2008, 01:54:04 PM
waduh, jadi nggak enak nih bro milmi, aku cuman pengen bagi pengetahuan aja, klo boleh, apa yang aku tahu aku pingin share, yg aku nggak tahu kita diskusiin bareng2, kebetulan saat ini aku emang kerjanya di bidang ini, tq sebelumnya.

Karena saya gak kerja di bidang molekular, makanya mengakui ko gak jago dengan topik ini (. Padahal sekarang identifikasi mikroorganisme dah pakai metode molekular. Kapan ya metode ini diterapkan secara luas di Indo?

Kutip dari: milmi pada Juli 25, 2008, 11:35:19 AM

Kutip dari: cheloniamydas pada Juli 24, 2008, 01:54:04 PM
waduh, jadi nggak enak nih bro milmi, aku cuman pengen bagi pengetahuan aja, klo boleh, apa yang aku tahu aku pingin share, yg aku nggak tahu kita diskusiin bareng2, kebetulan saat ini aku emang kerjanya di bidang ini, tq sebelumnya.

Karena saya gak kerja di bidang molekular, makanya mengakui ko gak jago dengan topik ini (. Padahal sekarang identifikasi mikroorganisme dah pakai metode molekular. Kapan ya metode ini diterapkan secara luas di Indo?

Halloo salam kenal semuanya,

mungkin ga banyak orang yg tau aplikasi bidang molekular, tetapi teknik molekular sudah digunakan pada aplikasi pada bidang industri, termasuk juga beberapa perusahaan di indonesia menggunakan teknik ini. Bukan hanya untuk identifikasi mikroorganisme saja, tetapi teknik ini juga digunakan untuk dunia forensik dan kedokteran dalam tes DNA. perusahaan di bidang pertanian juga menggunakan teknik ini untuk identifikasi varietas komersial yang mereka miliki, identifikasi pemalsuan, uji kemurnian benih, deteksi hama penyakit, deteksi gen2 penting pada tumbuhan, persilangan tanaman dan banyak lagi aplikasinya. Jd sebenarnya metode ini sudah banyak di terapkan secara luas di Indonesia bukan hanya untuk bidang akademis dan penelitian saja.

@ barbarian,
betul sekali kalau metode molekular telah mulai digunakan pada industri, namun harap diingat, bahwa industri mengejar untung, sehingga mereka berani invest pada alat-alat dan bahan molekular karena mereka telah menghitung pemasukan yg akan mereka dapat. Nah, kalau di laboratorium penelitian, terutama lab yg juga merangkap lab pengajaran, invest tersebut susah dilakukan karena para investor (a.k.a pemerintah dan pihak univ) belum melihat urgensi penerapan metode molekular pada penelitian dan pengajaran. Hal inilah yang sangat saya sesalkan.

Kutip dari: milmi pada Agustus 28, 2008, 06:02:34 PM
@ barbarian,
betul sekali kalau metode molekular telah mulai digunakan pada industri, namun harap diingat, bahwa industri mengejar untung, sehingga mereka berani invest pada alat-alat dan bahan molekular karena mereka telah menghitung pemasukan yg akan mereka dapat. Nah, kalau di laboratorium penelitian, terutama lab yg juga merangkap lab pengajaran, invest tersebut susah dilakukan karena para investor (a.k.a pemerintah dan pihak univ) belum melihat urgensi penerapan metode molekular pada penelitian dan pengajaran. Hal inilah yang sangat saya sesalkan.

sebenarnya saya pernah bertanya kepada salah seorang profesor di ITB mengenai masalah investasi pada bidang penelitian ini. Banyak perusahaan tertarik untuk bekerja sama dengan pihak akademisi dalam bidang penalitian, namun pada saat ini masih terkendala pada orientasi dari masing2 pihak. Pihak perusahaan tentu saja menginginkan arahan penelitian yg bersifat aplikatif dan berguna buat pengembangan perusahaannya, tetapi pihak universitas menginginkan arahan penelitian yg mengarah pada basic sainsnya. Tetapi tidak semua terjadi seperti itu, bahkan pada saat ini terdapat beberapa perusahaan yg sudah mulai bekerja sama dalam pengembangan riset dengan universitas, meskipun kebanyakan merupakan proyeknya para dosen. Mengenai investor yang berasal dari pemerintah dan pihak universitas, memang dana yg disediakan sangat minim, tetapi mudah-mudahan dengan rencana SBY yang menganggarkan 20% APBN buat pendidikan dapat terealisasi, sehingga dana buat penelitian, khususnya buat penerapan bidang molekular bisa meningkat. amin...

Amiin ya Rabbal 'alamiiinn (berharap banyak)

benernya awak masih bingung niy,,
untuk desain primer dengan primer3 atao blast primer..
kita dah dapet Tm nya tuw, n secara otomatis kita bisa dapet Ta (suhu annealing),,

nah, tapi kenapa pas kita pesen primer di suatu perusahaan dengan urutan yang kita pesen sesuai yang kita dapet dari primer3 atau primer blast, bisa berbeda suhu annealingnya, jadi kita harus repot2 optimasi pcr lagi..
knapa yah?? ada yang taw?

aku mlh tertarik dgn nama yg memulai topik ini.. .chelonia mydas..Penyu y?he3