Definisi spesies dalam hal ini adalah populasi atau sekelompok individu yang anggota-anggotanya memiliki kemampuan untuk saling mengawini dan memiliki keturunan yang hidup dan fertil, namun tidak dapat kawin dengan anggota spesies lain. Dengan kata lain, suatu spesies biologis adalah unit populasi terbesar dimana pertukaran genetik mungkin terjadi dan terisolasi secara genetik dari populasi spesies lain. Anggota spesies secara biologis dipersatukan oleh ciri kesesuaian reproduksi, misalkan: peluang seorang guru besar fisika di MIT untuk menikahi pembantu rumah tangga di Bandung amat kecil, namun seandianya mereka benar-benar kawin, sangat mungkin menghasilkan anak yang fertil.

Ada beberapa perkecualian konsep spesies biologis, a.l:
-Beberapa hewan mampu mengawini satu sama lain dan menghasilkan keturunan yang fertil (seperti sudah pernah dibahas oleh saudara syx), a.l: singa dan macan, dll
-Beberapa anggrek dan tanaman hias lain bisa disilangkan sampai keturunan keberapa ratus, dan masih terus amat sangat fertil.
-Ada 2 spesies berbeda namun tidak sepenuhnya terisolasi secara genetik. Ada kebingungan apakah mereka dibagi lagi menjadi sub spesies atau bagaimana. Misalkan ada tikus A, B, C. Tikus A bisa kawin dengan tikus B (menghasilkan anak fertil), namun tidak bisa kawin dengan C. Tikus C juga bisa kawin dengan B (menghasilkan anak fertil). Namun tikus A dan C tidak saling mengawini. Dalam hal ini, B menjadi perantara transfer gen A dan C.
-dan masih banyak lagi.

Suatu pegunungan atau perairan yang muncul perlahan dapat memisahkan populasi satu spesies menjadi 2 atau beberapa spesies yang berbeda, seperti pada misalnya 2 spesies tupai Grand Canyon Ammospermophilus harrisi dan A.leucurus yang terisolasi secara geografis. Populasi yang lebih kecil (terpencar) disebut isolat periferal, dan ada 3 alasan mengapa isolat periferal adalah calon spesies baru:
- Kumpulan gen isolat periferal kemungkinan besar berbeda dengan populasi tetua. Hidup di dekat batas habitat,biasanya isolat periferal mewakili sisi ekstrim setiap cline genotipe yang berada di populasi tersebut. Apalagi bila isolat periferal cukup kecil, bisa terjadi FOUNDER EFFECT.
- Sampai isolat periferal menjadi besar,akan banyak mutasi yang mengubah kumpulan gennya secara acak
- Evolusi yang disebabkan seleksi alam pada isolat periferal kemunginan bisa mengambil arah yang berbeda dibanding populasi tetua. Biasanya isolat periferal ada di daerah perbatasan, yang seringkali lingkungannya lebih keras dibandingkan lingkungan di “tengah-tengah” tempat populasi awal berdiam.

Mengatakan bahwa suatu spesies paling banyak berubah pertama kali ketika ia memisah dari populasi tetuanya, kemudian dalam perjalanannya hanya mengalami sedikit perubahan. Ada model lain untuk tempo spesiasi, gradualisme, spesies yang diturunkan dari nenek moyang yang sama secara perlahan semakin memisah dan berbeda secara morfologis, seiring adaptasi unik yang mungkin dikembangkannya.

Catatan fosil membuktikan adanya tren khusus pada evolusi banyak spesies, contohnya tren ke ukuran tubuh semakin besar dan pengurangan jumlah jari kaki, serta modifikasi geligi untuk memakan rumput pada garis evolusioner kuda. Hal ini dapat dijawab dengan memperhatikan sekali lagi bahwa evolusi tidaklah linear! Apapun penyebabnya, adanya tren evolusi tidak menyatakan bahwa terdapat semacam dorongan internal menuju “takdir kehidupan”. Evolusi adalah suatu respon terhadap interaksi antara organisme dan lingkungan mereka sekarang. Jika keadaan berubah, suatu tren evolusi bisa berubah, bergeser, atau berbalik arah.

...ngantuk membacanya...tetapi ada sumber yang menarik juga...evolusi salah  satunya jelas terjadi lewat mutasi kan...kalo yang ini bagaimana cara terjadinya?

Salah satu faktor yang penting adalah allometric growth, perbedaan dalam laju tumbuh relatif tubuh (jelasnya,silakan cari di wikipedia karena ada gambarnya). Selain itu (pada vertebrata), duplikasi Hox (cluster gen homeotik) sebanyak dua kali pada setengah milyar tahun terakhir ini menghasilkan struktur yang penting. Pertama kali, duplikasi Hox mengarahkan perkembangan tulang belakang dan yang kedua mengarahkan pembentukan rahang.

yang dicetak tebal contoh struktur penting itu apa.....?

Saya akan tambahkan beberapa bukti mengenai terjadinya evolusi. Semoga pembaca tdiak bosan untuk membaca tulisan saya yang panjang lebar ini. Hehehe.
1.Biogeografi
Penyebaran spesies secara geografis adalah hal yang pertama kali memberi inspirasi akan adanya evolusi bagi Darwin. Pulau-pulau memiliki banyak sekali spesies yang bersifat endemik (tidak ditemukan di tempat lain), namun memiliki kesamaan morfologi dengan spesies di daratan utama terdekat atau pulau-pulau di sekitarnya. Mengapa dua pulau yang lingkungan yang mirip di bumi tidak dihuni oleh spesies yang berkerabat dekat, melainkan oleh spesies yang secara taksonomi terkait erat dengan spesies di pulau terdekat yang lingkungannya seringkali amat berbeda? Misalkan, mengapa hewan berkantung (marsupialia) hanya ditemukan di Australia dan pulau-pulau sekitarnya? Dan mengapa mamalia berplasenta (eutheria) sangat minoritas di Australia? Pendapat yang berkata bahwa “Tuhan telah menempatkan secara langsung hewan berkantung tersebut di Australia karena iklimnya cocok dengan mereka” terbukti salah ketika introduksi kelinci di Australia menyebabkan populasi kelinci meledak menjadi jutaan ekor, mengalahkan hewan asli Australia. Namun, hal ini amat mendukung teori evolusi bahwa fauna di Australia adalah hasil adaptasi nenek moyang mereka yang terisolasi dari tempat nenek moyang mereka hidup (sangat dimungkinkan adanya founder effect).

2.Catatan Fosil
Mungkin inilah bukti evolusi yang paling mudah dipahami oleh mereka yang berlatar belakang non-sains. Kenyatannya, pergantian bentuk fosil dari berbagai lapisan bumi sesuai dengan hipotesa evolusi dalam penyusunan filogeni makhluk hidup. Sebagai contoh, bukti dari biokimia, biologi sel, dan biologi molekuler menempatkan prokariota sebagai nenek moyang semua kehidupan dan memperkirakan bahwa bakteri mendahului semua jenis eukariota. Dan di lapangan, memang fosil tertua yang diketahui adalah prokariota. Contoh lain adalah munculnya kelas-kelas vertebrata secara kronologis. Dimulai dengan ikan, lalu amfibia, lalu reptilia, kemudian mamalia dan burung. Urutan ini amat konsisten dan sesuai dengan bukti-bukti kekerabatan melalui analisis DNA dan bukti lainnya. Sebaliknya, ide bahwa semua spesies diciptakan dalam waktu yang hampir sama memperkirakan bahwa semua kelas vertebrata akan muncul sebagai fosil dalam bebatuan yang berumur sama, yang ternyata amat berbeda dengan apa yang diamati oleh paleontolog.

3.Anatomi Perbandingan
Fakta bahwa semua vertebrata berasal dari nenek moyang yang sama akan dapat kita pahami jika kita melihat dan membandingkan struktur tangan manusia, sirip paus, kaki depan tikus tanah, kaki depan kucing, dan sayap kelalawar. Meskipun terspesialisasi untuk berbagai fungsi yang jelas berbeda, tulang yang menyusun tungkai depan semua vertebrata tadi memiliki susunan tulang yang nyaris persis (secara ringkas: masing-masing satu ulna, radius, dan humerus). Inilah yang disebut dengan organ homolog, yang berarti diturunkan dari nenek moyang bersama berbagai spesies tadi. Kebutuhan yang berbeda tiap spesies tadi untuk menyesuaikan diri dengan lingkungannya menciptakan struktur yang terspesialisasi untuk tujuan khusus tadi melalui akumulasi yang berlangsung ratusan ribu, bahkan jutaan tahun. Beberapa organ homolog yang paling menarik adalah organ vestigial, yakni organ sisa yang tidak berguna lagi. Contohnya adalah sisa tulang pelvis (gelang pinggul) dan tulang tungkai belakang ikan paus modern yang masih dapat kita temui (sebagai sisa historis evolusi dari nenek moyang vertebrata berkaki empat) meskipun paus modern tidak lagi memiliki tungkai belakang.

4.Embriologi Perbandingan
Organisme yang berkerabat dekat biasanya memiliki kesamaan dalam perkembangan embrionya. Contohnya, semua embrio vertebrata mengalami tahapan dimana mereka memiliki kantong insang. Namun, semakin lama akan terlihat spesialisasi dimana kantong insang akan berkembang menjadi insang (alat respirasi) pada ikan; dan pada vertebrata darat, kantong insang akan dimodifikasi menjadi saluran penghubung telinga tengah dan tenggorokan yang dinamakan saluran Eustachius.

5.Biologi Molekuler
Telah dibahas sebelumnya bahwa bukti fosil sesuai dengan hubungan kekerabatan melaui  tes DNA. Pertama-tama, kita dapat menganalogikan hal ini sebagai dua buah karangan. Jika karangan kedua persis dengan yang pertama, hanya dengan penggantian nama tokoh pelakunya serta nama-nama tempat dan setting jamannya, anda pasti bisa mengatakan bahwa salah satu dari pengarang telah menjiplak karya pengarang yang lain (dengan kata lain, karangan yang satu berasal dari modifikasi karangan yang lain). Begitu pula dengan DNA, jika dua spesies memiliki gen dan protein dengan urutan monomer yang amat sesuai satu dan yang lain, pastilah urutan itu disalin dari nenek moyang yang sama atau salah satu individu menyalinnya dari individu yang satu lagi. Jika kita melihat organisme yang paling jauh kekerabatannya sekalipun, misalkan: manusia dan bakteri. Ternyata dua spesies yang amat berbeda ini memiliki kesamaan protein, yakni cytochromes c (cyt c) yang terlibat dalam respirasi seluler semua spesies aerobik. Kemudian masih ada lagi perbandingan jumlah asam amino yang berbeda dalam hemoglobin vertebrata yang memperkuat bukti biogegografi serta catatan fosil mengenai hubungan evolusioner di antara spesies-spesies tersebut.