Pembahasan, diskusi, dan debat mengenai evolusi sudah banyak terjadi di forum ini, namun nampaknya tidak berjalan dengan baik karena masih adanya beberapa miskonsepsi mengenai penjelasan evolusi yang benar. Maka dengan topik baru ini, saya ingin sedikit meluruskan pandangan mengenai evolusi dan spesiasi menurut pandangan biologi. Saya sengaja memisahkan tiap point penjelasan agar lebih mudah dipahami dan yang terpenting, meluruskan miskonsepsi yang terjadi! Mohon agar moderator tidak menggabungkan topik ini dengan topik lain karena pembahasan murni secara biologi sangat diperlukan.

Miskonsepsi umum adalah bahwa evolusi bersifat linear dalam arti organisme A akan berevolusi menjadi B, B menjadi C, dan C menjadi D, begitu saja. Sebenarnya, yang terjadi tidak semudah itu. Bisa kita bayangkan A berevolusi menjadi B,C, dan D, namun C dan D tidak dapat bertahan hidup (tidak adaptif) dan punah, sementara B berevolusi lagi menjadi E dan F... Itulah gambaran umum dari evolusi. Miskonsepsi umum diawali ketika seringkali terdapat gambar “evolusi manusia” dari kera, kera yang agak mirip orang namun bungkuk, kemudian semakin tegak dan semakin tak berbulu, kemudian menjadi manusia dalam urutan seperti anak tangga. Daripada itu, evolusi jauh lebih mirip dengan semak belukar, dengan banyak cabang yang mati dan beberapa cabang yang bertahan hidup. Jumlah spesies yang punah jauh lebih banyak daripada spesies yang mampu bertahan hidup

Syarat populasi yang berada dalam keadaan setimbang:
-   Ukuran populasi sangat besar
-   Terisolasi dari populasi lain
-   Tidak ada mutasi
-   Perkawinan acak
-   Tidak ada seleksi alam
(Secara nyata, tidak ada populasi yang berada dalam keadaan ideal ini)
Misalkan, kita punya populasi bunga liar yang warnanya diatur oleh alel dominan A(merah) dan a(putih), kita memiliki 500 bunga liar dengan alel A sebanyak 80%. Jika demikian jelaslah alel a adalah sebanyak 20%. Peluang dominan homozigot (AA) menurut hukum peluang adalah 0,8 x 0,8=0,64 atau 64%, sedangkan homozigot resesifnya 0,2 x 0,2 =0,04 atau 4%. Penghitungan heterozygotnya memiliki 2 kemungkinan:Aa dan aA, maka heterozygote adalah 0,8 x 0,2 x 2=0,32 atau 32%. Kita bisa menebak bahwa populasi bunga liar kita memiliki 320 AA,160 Aa dan 20 aa. Secara hukum peluang pula, dapat dirumuskan bahwa:
p2 + 2.p.q + q2 = 100%
dengan p  adalah alel A, q adalah alel a.
Itu disebut persamaan Hardy Weinberg....
Penggunaannya amat luas, misalkan pada fenilketonuria, kelainan metabolisme genetik yang bisa menyebabkan hambatan perkembangan mental. Penyakit tersebut disebabkan alel resesif. Maka, fenilketonuria berikatan dengan q2 (homozigot resesif). Misalkan di suatu kota yang berada dalam kesetimbangan Hardy Weinberg ada 1 fenilketonuria dari 10.000 kelahiran (q2=0,0001), frekuensi alel resesifnya adalah q=0,01 dan alel dominanya p=1-q=0,99. Dan karier (membawa alel, tapi tidak terekspresi) dihitung dengan 2.0,99.0,01=1,98%. Maka sekitar 2% dari populasi itu membawa alel fenilketonuria.

Bayangkan anda melempar uang 10x dan mendapatkan hasil 3 angka,7 gambar.Anda masih bisa menerimanya.Jika anda melempar 100.000x dan mendapatkan 30.000x gambar, anda akan curiga dengan mata uang tersebut.Semakin kecil ukuran sampel,semakin besar peluangnya untuk terjadi penyimpangan dari hasil ideal yang diharapkan.Misalkan,ada populasi bunga liar yang anggaplah konstan terdiri dari 10 tumbuhan dengan AA=5,Aa=3,aa=1.Pada generasi pertama,hanya 5 yang bereproduksi (1 AA,3 Aa,dan 1 aa).Selanjutnya,akan terjadi 10 tumbuhan dengan AA=3,Aa=4,aa=3.Jika selenjutnya hanya 3 tumbuhan yang menghasilkan keturunan (2 AA dan 1 Aa),pastilah alel a semakin tereduksi dalam populasi tersebut. Inilah satu contoh mikroevolusi. Lainnya adalah EFEK LEHER BOTOL (BOTTLENECK EFFECT), yakni faktor non seleksi alam (misalkan bencana alam) yang memilih korban benar2 secara acak). Contoh klasik dari efek leher botol adalah habisnya variasi genetik anjing laut gajah utara yang nyaris punah pada 1890 ketika jumlahnya hanya 20 ekor .Ketika diuji pada 1970-an,30.000 anjing laut gajah utara tidak memilii variasi genetik sama sekali yang dimungkinkan akibat pergeseran genetik.Perbandingan,variasi genetik melimpah pada anjing laut gajah selatan yang hidup tentram.Hal ini mirip sekali dengan apa yang dinamakan dengan EFEK PENDIRI (FOUNDER EFFECT), misalkan hanya ada beberapa biji-bijian yang terbawa oleh burung ke pulau kecil,jelas potensi untuk menghasilkan populasi yang berbeda dengan populasi tetuanya amat besar.

Meskipun mutasi dalam lokus gen tertentu jarang terjadi, dampak kumulatifnya dapat berakibat nyata. Hal ini disebabkan karena tiap individu punya ribuan gen dan banyak populasi memiliki jutaan individu. Tentunya dalam jangka panjang, mutasi sangat penting bagi evolusi karena posisinya sebagai sumber asli variasi genetik yang merupakan seleksi alam.

Intinya adalah keberhasilan yang berbeda dalam reproduksi. Seleksi alam menyebabkan perbandingan alel yang diturunkan ke generasi berikutnya menjadi berubah dibandingkan perbandingan alel di populasi awal. Di antara semua faktor mikroevolusi yang kita bahas, hanya seleksi alam yang mampu menyesuaikan populasi dengan lingkungannya. Seleksi alam mengakumulasi dan mempertahankan genotipe yang menguntungkan dalam populasi. Jika lingkungan berubah, seleksi alam akan “merespons” dengan mempertahankan genotipe yang cocok dengan lingkungan yang baru. Akan tetapi, derajat adaptasi hanya dapat diperluas dalam ruang lingkup keanekaragaman genetik populasi tersebut.

Sifat diploid banyak organisme eukarota  benar-benar berguna untuk melindungi variasi genetik karena hal ini dapat “melindungi” alel resesif dalam bentuk heterozigot. Semakin sedikit frekuensi alel resesif, akan semakin besar “perlindungan” yang diberikan oleh heterozigot. Mengapa? Cek kembali persamaan Hardy Weinberg. Sementara itu contoh polimorfisme seimbang adalah diuntungkannya heterozigot dalam beberapa aspek kehidupan manusia, dalam hal ini lokus gen manusia pada salah satu rantai hemoglobin. Alel resesif spesifik pada lokus itu menyebabkan penyakit sel bulan sabit (sickle-cell disease) pada individu homozygote, sementara itu heterozygote diuntungkan dengan ketahahan terhadap penyakit malaria. Hal ini amat berguna untuk “menyimpan” dan “melindungi” variasi genetik.   

Setidaknya ada 5 alasan mengapa seleksi alam tidak dapat membentuk individu yang sempurna:
-Setiap spesies lebih memilih untuk mengembangkan organ leluhurnya daripada membangun organ kompleks dari awal meskipun cara yang dipilih ini memiliki beberapa kerugian,a.l:kurang sesuainya struktur dengan fungsi baru yang harus dilaksanakannya. Misalkan pada manusia, masalah sakit punggung sebagian besar bermula dari modifikasi kerangka dan perototan dari leluhur berkaki empat yang sebenarnya kurang sesuai dengan cara jalan yang bipedal
-Adaptasi seringkali berkompromi... Misalkan anjing laut yang menghabiskan sebagian besar waktunya di daratan tetap memiliki sirip meskipun kaki akan membantunya berjalan di daratan. Namun, tanpa sirip, ia tidak akan dapat berenang dengan baik.
-Tidak semua evolusi bersifat adaptif, misalkan seperti kasus efek pendiri, badai meniup sebagian kecil populasi serangga ke pulau lain. Tidak dijamin bahwa serangga yang tertiup angin tersebut adalah serangga yang paling adaptif dengan lingkungan barunya.
-Seleksi hanya dapat memperbaiki variasi yang ada. Seleksi alam hanya menguntungkan variasi yang paling menguntungkan dari fenotip yang tersedia, terlepas apakah sebenarnya sifat itu ideal atau tidak. Alel tidak muncul begitu saja!
-Perubahan lingkungan (microclimate) kadang begitu cepat sehingga membuat “rancangan struktur” yang sebelumnya adaptif dengan lingkungan awal, menjadi kurang adaptif dengan lingkungan barunya.
Dengan semua batasan itu, wajar bahwa evolusi tidak akan menghasilkan organisme yang sempurna.