Pembahasan, diskusi, dan debat mengenai evolusi sudah banyak terjadi di forum ini, namun nampaknya tidak berjalan dengan baik karena masih adanya beberapa miskonsepsi mengenai penjelasan evolusi yang benar. Maka dengan topik baru ini, saya ingin sedikit meluruskan pandangan mengenai evolusi dan spesiasi menurut pandangan biologi. Saya sengaja memisahkan tiap point penjelasan agar lebih mudah dipahami dan yang terpenting, meluruskan miskonsepsi yang terjadi! Mohon agar moderator tidak menggabungkan topik ini dengan topik lain karena pembahasan murni secara biologi sangat diperlukan.

Salah satu hambatan dalam memahami evolusi adalah miskonsepsi umum bahwa tiap organisme berevolusi (menurut pandangan Darwinian) selama masa hidup organisme tersebut. Nyatanya, seleksi alam memang berlaku pada tingkat individu. Sifat organisme berhubungan langsung dengan kemampuan organisme tersebut bertahan hidup dan bereproduksi. Akan tetapi, dampak evolusioner seleksi alam hanya akan tampak dalam melacak perubahan pada populasi seiring dengan berjalannya waktu. Lihatlah beberapa Papilio memnon di bawah. Spesimen ini semuanya dikumpulkan dari satu populasi dengan variasi genetik yang terlihat jelas dari warna sayapnya. Jika burung lebih memilih memangsa Papilio memnon dengan warna tertentu (mis: karena lebih jelas telihat), perbandingan individu dengan pola pewarnaan seperti itu akan semakin menurun dari generasi ke generasi karena kupu-kupu seperti itu rendah keberhasilan reproduksinya. Dengan demikian, jelaslah bahwa populasi yang berevolusi, bukannya individu.

Miskonsepsi umum adalah bahwa evolusi bersifat linear dalam arti organisme A akan berevolusi menjadi B, B menjadi C, dan C menjadi D, begitu saja. Sebenarnya, yang terjadi tidak semudah itu. Bisa kita bayangkan A berevolusi menjadi B,C, dan D, namun C dan D tidak dapat bertahan hidup (tidak adaptif) dan punah, sementara B berevolusi lagi menjadi E dan F... Itulah gambaran umum dari evolusi. Miskonsepsi umum diawali ketika seringkali terdapat gambar "evolusi manusia" dari kera, kera yang agak mirip orang namun bungkuk, kemudian semakin tegak dan semakin tak berbulu, kemudian menjadi manusia dalam urutan seperti anak tangga. Daripada itu, evolusi jauh lebih mirip dengan semak belukar, dengan banyak cabang yang mati dan beberapa cabang yang bertahan hidup. Jumlah spesies yang punah jauh lebih banyak daripada spesies yang mampu bertahan hidup

Ironisnya ketika catatan Mendel dikaji ulang pada awal abad ke-20, banyak scientist yang sepakat bahwa genetika Mendel bertentangan dengan seleksi alam Darwin. Sebagai bahan dasar seleksi alam, Darwin menekankan pada sifat kuantitatif,yakni sifat dalam populasi yang terus bervariasi seperti panjang bulu atau kecepatan lari. Dari Mendel diketahui bahwa sifat kuantitatif dipengaruhi lokus gen ganda. Akan tetapi para scientist yang pertama kali mengkaji genetika Mendel hanya mengenali sifat "either or" (ini atau itu) seperti warna bunga ungu atau putih pada kacang kapri sebagai bahan yang bisa diwariskan. Dengan demkian, seolah tidak ada dasar genetika untuk seleksi alam yang menghasilkan variasi yang hampir tidak kentara dalam populasi, padahal itu sangat penting bagi teori Darwin. Akhirnya, genetika dan evolusi dipersatukan dalam apa yang disebut dengan population genetics, yang menekankan luasnya variasi genetik populasi dan pemahaman mengenai sifat kuantitatif

Syarat populasi yang berada dalam keadaan setimbang:
-   Ukuran populasi sangat besar
-   Terisolasi dari populasi lain
-   Tidak ada mutasi
-   Perkawinan acak
-   Tidak ada seleksi alam
(Secara nyata, tidak ada populasi yang berada dalam keadaan ideal ini)
Misalkan, kita punya populasi bunga liar yang warnanya diatur oleh alel dominan A(merah) dan a(putih), kita memiliki 500 bunga liar dengan alel A sebanyak 80%. Jika demikian jelaslah alel a adalah sebanyak 20%. Peluang dominan homozigot (AA) menurut hukum peluang adalah 0,8 x 0,8=0,64 atau 64%, sedangkan homozigot resesifnya 0,2 x 0,2 =0,04 atau 4%. Penghitungan heterozygotnya memiliki 2 kemungkinan:Aa dan aA, maka heterozygote adalah 0,8 x 0,2 x 2=0,32 atau 32%. Kita bisa menebak bahwa populasi bunga liar kita memiliki 320 AA,160 Aa dan 20 aa. Secara hukum peluang pula, dapat dirumuskan bahwa:
p2 + 2.p.q + q2 = 100%
dengan p  adalah alel A, q adalah alel a.
Itu disebut persamaan Hardy Weinberg....
Penggunaannya amat luas, misalkan pada fenilketonuria, kelainan metabolisme genetik yang bisa menyebabkan hambatan perkembangan mental. Penyakit tersebut disebabkan alel resesif. Maka, fenilketonuria berikatan dengan q2 (homozigot resesif). Misalkan di suatu kota yang berada dalam kesetimbangan Hardy Weinberg ada 1 fenilketonuria dari 10.000 kelahiran (q2=0,0001), frekuensi alel resesifnya adalah q=0,01 dan alel dominanya p=1-q=0,99. Dan karier (membawa alel, tapi tidak terekspresi) dihitung dengan 2.0,99.0,01=1,98%. Maka sekitar 2% dari populasi itu membawa alel fenilketonuria.

Jika lima syarat yang diajukan dalam kesetimbangan Hardy Weinberg tadi banyak dilanggar, jelas akan terjadi evolusi pada populasi tersebut, yang akan menyebabkan perubahan perbandingan alel dalam populasi tersebut. Definisi evolusi sekarang dapat dikatakan sebagai:"Perubahan dari generasi ke generasi dalam hal frekuensi alel atau genotipe populasi". Dalam perubahan dalam kumpulan gen ini (yang merupakan skala terkecil), spesifik dikenal sebagai mikroevolusi. Akan dibahas 5 penyebab mikroevolusi=gene flow/aliran genetik,genetic drift/hanyutan genetik,mutasi,perkawinan tak acak,dan seleksi

Bayangkan anda melempar uang 10x dan mendapatkan hasil 3 angka,7 gambar.Anda masih bisa menerimanya.Jika anda melempar 100.000x dan mendapatkan 30.000x gambar, anda akan curiga dengan mata uang tersebut.Semakin kecil ukuran sampel,semakin besar peluangnya untuk terjadi penyimpangan dari hasil ideal yang diharapkan.Misalkan,ada populasi bunga liar yang anggaplah konstan terdiri dari 10 tumbuhan dengan AA=5,Aa=3,aa=1.Pada generasi pertama,hanya 5 yang bereproduksi (1 AA,3 Aa,dan 1 aa).Selanjutnya,akan terjadi 10 tumbuhan dengan AA=3,Aa=4,aa=3.Jika selenjutnya hanya 3 tumbuhan yang menghasilkan keturunan (2 AA dan 1 Aa),pastilah alel a semakin tereduksi dalam populasi tersebut. Inilah satu contoh mikroevolusi. Lainnya adalah EFEK LEHER BOTOL (BOTTLENECK EFFECT), yakni faktor non seleksi alam (misalkan bencana alam) yang memilih korban benar2 secara acak). Contoh klasik dari efek leher botol adalah habisnya variasi genetik anjing laut gajah utara yang nyaris punah pada 1890 ketika jumlahnya hanya 20 ekor .Ketika diuji pada 1970-an,30.000 anjing laut gajah utara tidak memilii variasi genetik sama sekali yang dimungkinkan akibat pergeseran genetik.Perbandingan,variasi genetik melimpah pada anjing laut gajah selatan yang hidup tentram.Hal ini mirip sekali dengan apa yang dinamakan dengan EFEK PENDIRI (FOUNDER EFFECT), misalkan hanya ada beberapa biji-bijian yang terbawa oleh burung ke pulau kecil,jelas potensi untuk menghasilkan populasi yang berbeda dengan populasi tetuanya amat besar.

Adalah pelanggaran syarat kesetimbangan hardy weinberg yang mengatakan bahwa populasi harus terisolasi dari populasi lain. Misalkan ada dua populasi bunga liar. Jika serbuk sari aa dari populasi pertama tertiup ke populasi kedua, frekuensi alel aa akan meningkat terus pada populasi kedua.

Meskipun mutasi dalam lokus gen tertentu jarang terjadi, dampak kumulatifnya dapat berakibat nyata. Hal ini disebabkan karena tiap individu punya ribuan gen dan banyak populasi memiliki jutaan individu. Tentunya dalam jangka panjang, mutasi sangat penting bagi evolusi karena posisinya sebagai sumber asli variasi genetik yang merupakan seleksi alam.

Adalah pelanggaran syarat kesetimbangan Hardy Weinberg yang mengharapkan perkawinan acak. Nyatanya, individu akan lebih sering kawin dengan tetangganya (bahkan kawin dengan dirinya sendiri / selfing yang amat umum pada tumbuhan). Hal ini akan mengurangi jumlah heterozygote dan meningkatkan jumlah homozygote dominan dan resesif. Pun ada jenis perkawinan berdasar pilihan (assortative mating), yakni individu (biasanya betina) cenderung memilih jantan dengan ciri-ciri khusus. Bisa ditebak, ini menyebabkan pergeseran dalam perbandingan alel tertentu.

Intinya adalah keberhasilan yang berbeda dalam reproduksi. Seleksi alam menyebabkan perbandingan alel yang diturunkan ke generasi berikutnya menjadi berubah dibandingkan perbandingan alel di populasi awal. Di antara semua faktor mikroevolusi yang kita bahas, hanya seleksi alam yang mampu menyesuaikan populasi dengan lingkungannya. Seleksi alam mengakumulasi dan mempertahankan genotipe yang menguntungkan dalam populasi. Jika lingkungan berubah, seleksi alam akan "merespons" dengan mempertahankan genotipe yang cocok dengan lingkungan yang baru. Akan tetapi, derajat adaptasi hanya dapat diperluas dalam ruang lingkup keanekaragaman genetik populasi tersebut.

Anda tidak akan kesulitan mengenali teman anda di antara kerumunan orang banyak. Setiap orang memiliki genom unik yang dicerminkan dari penampilannya. Variasi pada populasi terjadi pada semua makhluk yang bereproduksi secara seksual. Mungkin kita tidak peka terhadap variasi pada binatang dan tumbuhan, namun nyatanya mereka bervariasi dan inilah yang dijadikan bahan untuk seleksi alam. Tidak semua keanekaragaman yang bisa diamati dalam populasi dapat diturunkan. Fenotipe adalah produk kumulatif genotipe yang diwariskan dengan berbagai pengaruh lingkungan. Contoh: binaragawan mengembangakn fenotipenya secara drastis melalui latihan. Hanya komponen genetik variasilah yang dapat mengakibatkan evolusi dari seleksi alam karena hanya inilah komponen yang dapat diwariskan lintas generasi.

Sifat diploid banyak organisme eukarota  benar-benar berguna untuk melindungi variasi genetik karena hal ini dapat "melindungi" alel resesif dalam bentuk heterozigot. Semakin sedikit frekuensi alel resesif, akan semakin besar "perlindungan" yang diberikan oleh heterozigot. Mengapa? Cek kembali persamaan Hardy Weinberg. Sementara itu contoh polimorfisme seimbang adalah diuntungkannya heterozigot dalam beberapa aspek kehidupan manusia, dalam hal ini lokus gen manusia pada salah satu rantai hemoglobin. Alel resesif spesifik pada lokus itu menyebabkan penyakit sel bulan sabit (sickle-cell disease) pada individu homozygote, sementara itu heterozygote diuntungkan dengan ketahahan terhadap penyakit malaria. Hal ini amat berguna untuk "menyimpan" dan "melindungi" variasi genetik.   

Evolusi adaptif adalah gabungan antara peluang dan penyortiran. Penyortiran itu sendiri dilakukan oleh seleksi alam, menjadikannya suatu agen yang menghasilkan suatu evolusi adaptif, yakni evolusi yang menyebabkan suatu populasi menjadi lebih sesuai dengan lingkungannya.

Setidaknya ada 5 alasan mengapa seleksi alam tidak dapat membentuk individu yang sempurna:
-Setiap spesies lebih memilih untuk mengembangkan organ leluhurnya daripada membangun organ kompleks dari awal meskipun cara yang dipilih ini memiliki beberapa kerugian,a.l:kurang sesuainya struktur dengan fungsi baru yang harus dilaksanakannya. Misalkan pada manusia, masalah sakit punggung sebagian besar bermula dari modifikasi kerangka dan perototan dari leluhur berkaki empat yang sebenarnya kurang sesuai dengan cara jalan yang bipedal
-Adaptasi seringkali berkompromi... Misalkan anjing laut yang menghabiskan sebagian besar waktunya di daratan tetap memiliki sirip meskipun kaki akan membantunya berjalan di daratan. Namun, tanpa sirip, ia tidak akan dapat berenang dengan baik.
-Tidak semua evolusi bersifat adaptif, misalkan seperti kasus efek pendiri, badai meniup sebagian kecil populasi serangga ke pulau lain. Tidak dijamin bahwa serangga yang tertiup angin tersebut adalah serangga yang paling adaptif dengan lingkungan barunya.
-Seleksi hanya dapat memperbaiki variasi yang ada. Seleksi alam hanya menguntungkan variasi yang paling menguntungkan dari fenotip yang tersedia, terlepas apakah sebenarnya sifat itu ideal atau tidak. Alel tidak muncul begitu saja!
-Perubahan lingkungan (microclimate) kadang begitu cepat sehingga membuat "rancangan struktur" yang sebelumnya adaptif dengan lingkungan awal, menjadi kurang adaptif dengan lingkungan barunya.
Dengan semua batasan itu, wajar bahwa evolusi tidak akan menghasilkan organisme yang sempurna.